Quelques années après ce périple à travers l'Amérique Latine, il devient ministre de l'industrie à Cuba et continue à prendre des nouvelles de Silvio, malade à qui il a sauvé la vie à la léproserie. En mai 1955, Fidel Castro est liberé de prison. Batista, le tyran ennemi du Che et de Fidel, étant contraint de céder à l'opinion publique et de relâcher Fidel Castro.
Au début du mois de juillet 1955, voilà donc le Che embrigadé dans une troupe rebelle, comme médecin, bien sûr : son casier d'activiste révolutionnaire est pour le moment vierge.
Dès février 1956, il commence ses classes de guérillero. À la même époque, la police mexicaine lance une vaste coup de filet dans le milieux activistes cubains. Fidel Castro, lui-même, est arrêté. Puis Hilda (la première femme du Che) et Hildita, la petite fille qu'Ernesto et sa femme viennent d'avoir.
Le premier janvier 1959, les révolutionnaires triomphent et Batista fuit aux États-Unis. Dès le 8 octobre de la même année, le Che cumule les fonctions et devient chef de la Banque Nationale de Cuba : situation ironique, car il n'aime pas l'argent !
Fidel, qui a obtenu la permission de sortir de la prison pour éviter une tuerie, hurle: "C'est à Cuba que nous nous battons !". Les trente guérilleros(révolutionnaires) dont le Che, sont arrêtés.
Par la suite, le Che part en Afrique pour aider d'autres groupes de soldats. En Bolivie, il organise une guerre contre le dictateur général, Símon Bolívar.
Il meurt le 9 octobre 1967 en Bolivie, tué par des soldats boliviens. Transporté à l'hôpital de Vallegrande, son corps est exposé le lendemain dans une morgue improvisée et des centaines de boliviens viennent lui rendre hommage. Dans la nuit du 10 au 11 octobre, le corps est transporté jusqu'à la caserne du régiment Pando dans Vallegrande.
Ensuite, la mort fera basculer dans le mythe la figure du Che. Des généraux boliviens, affirment tour à tour que son corps a été brûlé ou enterré. En 1997, comme par miracle, les ossements du Che et de six de ses compagnons sont extraits d'une fosse.
À l'occasion du trentième anniversaire de sa mort, ses restes sont déposés en terre cubaine, à Santa Clara, dans un mausolée devenu lieu de pèlerinage mondial.
"L'acte de mourir l'a rendu immortel".
